연말정산 시즌만 되면 의료비 세액공제 신청서류가 누락되어 당황하는 분들이 많습니다. 서류를 제대로 준비하지 못했을 때 어떻게 대처해야 할지 막막하실 텐데요. 의료비 공제 신청 서류 미비 시, 올바르게 대응하는 방법을 단계별로 알려드리겠습니다.
목차
- 의료비 공제 서류 누락 문제란?
- 1. 우선 직접 의료기관에서 증빙서류 받기
- 2. 홈택스 ‘조회되지 않는 의료비 신고센터’ 활용하기
- 3. 간소화서비스에서 누락 시 직접 신고 및 자료 제출
- 4. 5월 종합소득세 확정신고로 추가 공제 신청하기
- 5. 경정청구(정정신고) 절차 이용하기
- 6. 증빙서류 오류·제출 누락 기업에 요청하는 방법
- 7. 미제출 기관 관련 세무당국 대응 및 주의사항
의료비 공제 서류 누락 문제란?
국세청 연말정산 간소화서비스를 이용해도 간혹 의료비 내역이 조회되지 않는 경우가 있습니다. 자동 제출 의무기관임에도 시스템 문제, 인력 부족 등으로 자료가 누락되기도 합니다. 이럴 경우, 의료비 세액공제 신청 시 서류가 미비하게 되어 공제받지 못할 수도 있습니다.
“간소화 서비스에서 조회되지 않는 의료비는 직접 의료기관에서 영수증을 발급받아야 하며, 홈택스 신고센터에 누락 자료 신고도 가능하다.”
1. 우선 직접 의료기관에서 증빙서류 받기
의료비 관련 서류가 간소화 서비스에 나오지 않는다면 가장 먼저 해야 할 일은 진료받은 병ㆍ의원이나 약국에서 직접 영수증 또는 납입증명서류를 발급받는 것입니다. 기관별로 증명서 발급 가능 여부와 기간이 다르므로 빠르게 요청하는 것이 중요합니다.
- 영수증에는 진료일자, 치료내용, 진료비용 등이 상세히 기재되어야 합니다.
- 증빙서류 없이는 회사에 제출이 불가능하니 증명서 확보가 가장 기본입니다.
2. 홈택스 ‘조회되지 않는 의료비 신고센터’ 활용하기
국세청 홈택스에서는 1월 중순(보통 1월15일~17일)에 ‘조회되지 않는 의료비 신고센터’를 운영합니다.
- 누락된 의료비 자료를 신고하면 국세청이 의료기관에 자료 제출을 독려합니다.
- 의료기관이 1월18일까지 제출한 자료는 1월20일부터 조회가 가능합니다.
- 신고 기간을 놓쳤다면 직접 병원에서 서류를 받아야 하므로 미리 확인하는 것이 좋습니다.
3. 간소화서비스에서 누락 시 직접 신고 및 자료 제출
연말정산 간소화서비스에 의료비 내역이 나오지 않으면, 해당 의료기관에 직접 연락해 증빙자료를 요청해야 합니다. 특히, 법적으로 자료 제출이 의무화되지 않은 항목 (의료기기 구입‧임차비용 등)은 기관별 자율 제출이므로 주의가 필요합니다.
자료를 받았다면 회사 또는 세무대리인에게 빠르게 제출하여 연말정산 반영을 요청하세요.
4. 5월 종합소득세 확정신고로 추가 공제 신청하기
이미 연말정산 기간이 지나 서류를 못 냈다면, 다음 해 5월에 하는 종합소득세 확정신고 기간에 추가로 의료비 세액공제를 신청할 수 있습니다.
- 직접 세무서나 홈택스에서 신고서를 작성합니다.
- 신고 시 누락된 의료비 영수증 등 증빙서를 제출해야 합니다.
- 기한 내 확정신고를 하지 못했다면 경정청구(정정신고) 절차를 통해서도 신청 가능합니다.
5. 경정청구(정정신고) 절차 이용하기
경정청구는 이미 신고한 내용 중 공제 누락이나 과오가 있을 때 세액을 다시 조정하는 방법입니다.
- 기존 신고 후 일정 기간 내에 서면으로 경정신청서를 제출해야 합니다.
- 의료비 증빙서류를 첨부해 누락된 공제를 반영할 수 있습니다.
- 회사에서 지급명세서를 잘못 제출했을 경우에는 회사가 수정·재제출해야 하며, 근로자가 단독으로 변경 불가합니다.
6. 증빙서류 오류·제출 누락 기업에 요청하는 방법
만약 의료비 자료를 제출해야 할 병‧의원이 의도적으로 혹은 실수로 자료 제출을 하지 않는 경우, 다음과 같은 대응이 가능합니다.
- 홈택스에서 제공하는 ‘자료 제출 수정’ 기능을 통해 오류 수정 및 재제출 요청
- 기업이나 기관에 증빙서류 개별 발급 요청
- 인원이 50명 이하인 경우에는 수기 제출 서식을 이용해 세무서에 제출 가능
7. 미제출 기관 관련 세무당국 대응 및 주의사항
국세청은 의료비 자료 제출을 의무화하고, 고의적으로 제출하지 않는 기관에 대하여 세무조사를 실시할 수 있습니다.
- 의료기관 측 자료 미제출 시 행정지도 및 세무조사 경고가 이루어집니다.
- 납세자는 자료가 누락되는 것을 방지하기 위해 미리 서류 요청과 확인 절차를 철저히 해야 합니다.
- 최종 자료 제출 기한 내에 반드시 서류를 확보하는 것이 중요합니다.
요약
- 서류가 미비할 경우 제일 먼저 병원에서 직접 증빙서류 받아야 합니다.
- 국세청 ‘조회되지 않는 의료비 신고센터’를 활용해 누락 신고 및 자료 제출 요청이 가능합니다.
- 종합소득세 확정신고 기간에 추가 공제를 신청하거나 경정청구 절차를 통해 누락분을 보완할 수 있습니다.
- 증빙자료 제출 의무 기관의 협조를 반드시 요청하고, 고의 누락 시 세무당국에 의한 제재도 고려됩니다.